精油的運用模式，第一是身體層面的，透過皮膚及黏膜組織，另外則是透過嗅覺影響腦部造成的心理層面影響。
若以局部作用力而論，外在的皮膚及黏膜組織是精油最主要的應用範圍。精油能強化血液循環，使細胞組織獲取更好的養分供給及代謝作用，而其抗菌抗感染的作用能強化身體的免疫機轉。皮膚是人體的最大器官，因此皮膚的保養具有重大意義。一般來說，身體的健康狀況可從外表顯現的狀況推論，身體健康的人皮膚就會顯現出亮麗有光澤，因此使用精油時要特別注意皮膚的狀態。
精油分子的滲透力極強，作用於深層。身體細胞的細胞膜主要是由凸紋狀脂質（與脂肪結構類似）物質所組成，脂溶的特質則使精油非常易於被細胞吸收。口腔、鼻腔、咽喉部位、腸胃道、肺部的黏膜組織及外在的表皮，均能快速吸收精油，在將其快速送入血液中，經由血液系統進入細胞組織及個別器官中。運作途徑為：皮膚→ 各器官→ 各器官的敏感神經末梢。經由這種途徑，例如可透過外在的局部按摩是經由最有效的應用形式之一，此外泡浴、冷熱敷包，都是良好的外用形式。
口腔、鼻腔、咽喉部位、腸胃道、支氣管、肺部、陰道、膀胱及尿道均佈滿潮濕的黏膜組織。精油在黏膜組織的運作途徑和皮膚途徑相同，唯一的差異是更快加速，因為二者的組織結構不同。沖洗、漱口、坐浴及塞眠，皆為將精油運用在黏膜組織的方式。
原則上精油不應純油使用在皮膚上，因應不同的化學分子類屬、濃度及病人的皮膚類型，有可能引起皮膚刺激，因此事先的敏感測試是必要的，特別是針對細緻的皮膚類型，建議先將調好的配方清擦少許在手肘內側或上手臂內側。請注意，不是每一種皮膚發紅現象都是敏感反應，發紅也可能意味快速的血液循環。
精油運作的第二條途徑是經由鼻子直接到達邊緣系統－此處可比擬為大腦的總開關，控制我們的植物神經系統及情緒波動。喪失嗅覺的人沒有過往，只有氣味能完全喚醒記憶。某種氣味能使我們童年發生的事件一幕幕鮮明的重演在大腦中；在記憶中感覺重新復甦，過往與現在重新結合為一。沒有氣味的存在，歡樂及悲傷的陳年往事將永遠塵封在心底。
嗅覺的神奇力量可使過往的記憶復甦成為可觸摸、可處理的事件。任何治療師都知道氣味的心靈功效再整體治療上是非常重要的一環。如同演奏鋼琴，每一種精油代表一種情緒，善用多種精油組成的配方即能演奏出美妙的情緒協奏曲。因此我們認知到精油中的每一種香氣分子均攜帶某種訊息直接傳遞到腦部。
運用芳香療法的前提是，必須對於個案的身心狀態及過往病史有詳細的了解，唯有確實掌握造成身體混亂的原因，才能挑選最適合的治療方式及最恰當的精油配方。芳香療法不僅僅是「氣味治療」，根據科學實驗證實精油的運作方式亦可透過皮膚及黏膜組織，精油為萃取於植物的高效分子，亦為許多草本藥劑中不可或缺的物質，顯見芳香療法為植物療法應用中不可或缺的一環。
「植物芳香療法」指的是從特定植物中萃取出的精油進行治療，要能挑選出合適的精油達到療癒效果，治療師必須具備判斷及找尋症狀背後隱藏的身心主因，而非只是一味的針對疾病的症狀下手，在植物精油療法中重視的是由身心靈組成的整體，三者間有著密不可分的關連。
很多臨床個案顯示，心理的問題通常會透過身體上的不適表達出來。因此植物芳香療法認為每一種急性或慢性疾病中必定隱藏著某種特定的心理問題，進而引發疾病。
植物精油療法建立在自然醫學上，因此精油的治癒力可用自然科學—化學及藥理學的觀點分析。1900年以來，全世界無以數計的實驗及臨床已提供許多寶貴的文獻資料。心身醫學中的臨床及最新研究顯示出氣味的重要性－因透過嗅覺才能形成感知，進而引起一連串的反應。氣味釋放出的訊息能夠影響食慾、性慾、情緒、判斷力、記憶力等等。