一、开始：南无常住十方佛(一拜一起)
南无常住十方法(一拜一起)
南无常住十方僧(一拜一起)
二、供养：三宝弟子某某某(报自己姓名，并于药师佛前上香)
甲：此一瓣香，敬奉南无消灾延寿药师佛
乙：又一瓣香，敬奉南无日光徧照菩萨、南无月光徧照菩萨
丙：再一瓣香，敬奉南无十二药叉大将
(三拜三起)
三、悔过：往昔所造诸恶业 皆由无始贪嗔痴
从身语意之所生 一切我今皆忏悔
(三拜三起)
四、发愿：众生无边誓愿度 烦恼无尽誓愿断
法门无量誓愿学 佛道无上誓愿成
(三拜三起)
五、持咒：药师佛灌顶真言
南无薄伽伐帝 鞞杀社 窭噜薜琉璃 钵喇婆
喝罗闍也 怛他揭多也 阿罗喝帝 三藐三勃陀耶
怛侄他 唵 鞞杀逝 鞞杀逝 鞞杀社 三没揭帝莎诃
(三拜三起)
六、颂赞：药师教主 琉璃光王 八大菩萨降吉祥 诸佛助宣扬
仗佛威光 福寿永增延 (或福禄永安康)
(三拜三起)
七、唱偈：药师如来琉璃光 焰网庄严无等伦
无边行愿利有情 各遂所求皆不退
(三拜三起)
八、拜佛：南无消灾延寿药师佛
南无日光徧照菩萨、南无月光徧照菩萨
南无十二药叉大将
南无药师海会佛菩萨
(每句各念三遍以上，三遍以上多少，自由选择，念一句拜一次)
九、圆满：南无常住十方佛(一拜一起)
南无常住十方法(一拜一起)
南无常住十方僧(一拜一起)
（此法由福州开元寺本性上人 传）