馬哈迪採取迅雷不及掩耳行動把安華開除出黨。而安華則展開全面巡迴演講，與馬哈迪針鋒相對。不久，即被扣留。

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1998年9月2日安華被革職的消息証實後，舉國震驚，世界輿論也大事報導，幾乎成為轟動環球的大新聞，可見安華的震撼力，非同小可，不是一般的人物。

隨著安華被馬哈迪罷免官職的隔天，巫統最高理事會挑燈開會，安華親自出席抗辯，整個會議的過程事後外洩，安華在超過一句鐘的抗辯中，極力否認涉及不正當性行為，且指出一本“50個理由安華不能當首相”的書是惡意的對他作人身攻擊，他指這些的攻擊是有預謀的，以對他進行人格謀殺。

雖然安華本身對所有的指控作出反駁，也在巫統會議上作了討論，但在馬哈迪主持下的巫統最高理事上，通過開除安華出黨。這意味著安華不再是黨員，自然也不再是巫統署理主席。

馬哈迪先革官職，後砍掉安華與巫統的關係，自然是藉此與安華一刀兩斷，不讓安華有機會在黨內發揮影響力，這或者可推論為馬哈迪在吸取過去的教訓後，對安華採取前所未有的封殺行動（當慕沙在1986年辭副首相官職後，仍保留巫統署理主席，引致1987年慕沙與東姑拉沙里聯手挑戰馬哈迪在巫統的領導權，結果東姑拉沙里以少數票之差敗下陣來，這之後，馬哈迪也未採取行動在黨內對付東姑拉沙里。雖然在黨選後，東姑拉沙里不再是內閣成員。可是巫統黨員一直存在著內部鬥爭。直到1988年，東姑拉沙里另立新黨一46精神黨，拉走大批巫統黨員，馬哈迪總算穩住了巫統內部，並重新整頓其核心力量）。

如果安華仍保留黨職，他在黨內所起的作用可能比東姑拉沙里還要大，以致會動搖政府的操作，因此馬哈迪採取了非比尋常的手段來對付安華。

從1982年召安華入巫統，到1998年將安華排斥出巫統，前後是17年的光景，而安華一入巫統，就不斷地在黨內崛起成為新興的勢力，直到擔任巫統第二把手和副首相，直逼馬哈迪的光芒，因此當矛盾進入白熱化時，兩人的刀光劍影不再是小兒科或只是茶杯裡的風波，而是一場硬碰硬的政治大漩渦。

安華被巫統開除後，不是靜銷銷地保持沉默，他選擇的反擊方式捲起了政治風暴，從住家演講集會到全國各地巡迴演講，人潮之多，盡是數以萬計，一場比一場大，乃至演成示威行動，用以展示安華的力量。

安華更在9月13日在峇東埔（其家鄉）發表峇東埔宣言並在9月20日在吉隆坡公佈“獨立廣場宣言”，其要點是鼓吹改革，反對壓迫性的法律和條例，矢言要消除貪污，建立一個維護公正和民主的社會，更要求馬哈迪辭首相職。

這一種針鋒相對的抗衡，在政治上的衝擊使到政府認為國家安全受到威脅，因而採取斷然行動，警方在9月20日逮捕了安華依布拉欣。

接著警方宣佈援引內部安全法令扣留安華，還有不少被視為安華的人，也相繼在內安令下被扣留。

馬哈迪和安華的勢力至此已形同水火不容，政治溫度升高，國內外傳媒從不間斷地作出報導，安華事件提昇到另一個新熱點。

反對黨和非政府組織聯手成立聯合陣際，聲援安華，其中以回教黨的勢力最為突出，它傾全力爭取安華的支持者轉向反對黨陣線，反對黨成立了兩個組織，其一是GAGASAN DEMOKRASIRAKYAT（人民民主陣線），以蔡添強為主席（GAGASAN），其二是MAJLIS GERAKAN KEADILAN RAKYAT MALAYSIA（馬來西亞

人民正義行動理事會），以回教黨主席法茲諾為首（GERAK），參與的成員大同小異，有回教黨，民主行動黨，人社黨及非政府組織。

安華在9月29日正式被控上法庭，但不獲准保釋。安華的出現，引爆一個大論爭，他投訴在扣留期間被毆打。

（政府先設立內部警方調查組進行調查，得出的結果是，警方要對安華被毆打事件負起責任。這導致全國總警長拉欣諾在1999年1月8日宣佈辭職。故事未此了結，政府過後又再宣佈設立皇家調查庭，深入調查安華被毆真相。這一回，拉欣諾招認是他毆打安華，此事有待調查庭向元首提出報告後，才能知道政府會採取何種行動對付拉欣諾）。

安華的被毆事件，仍然受到國內外關注，雖然安華在1998年10月14日被解除內安令，不過基於法官不允許安華（被控上法庭）保釋，所以安華轉移到在雙溪毛糯監獄繼續扣留，他的案件高潮迭起，經過近70天的審訊，已晉入尾聲。

儘管拖了那麼久的官司案可能快告一段落，但安華效應尚未成為過去。他和馬哈迪的鬥爭沒完沒了，可能一直會拖下去，直到全國大選，或者才會看到鬥爭的結果會是怎樣的局面。